L'RNA ribosomiale 16 S (o rRNA 16 S) è una componente della subunità30S di un ribosomaprocariotico che si lega alla sequenza di Shine-Dalgarno. I geni che lo codificano sono indicati come gene 16S rRNA e sono utilizzati nella ricostruzione delle filogenesi, a causa della dell'evoluzione lenta di questa regione del gene. Carl Woese e George E. Fox sono stati i due ricercatori che hanno aperto la strada all'uso dell'rRNA 16S per la ricerca filogenetica a partire dal 1977.[2]